Saint-Hippolyte est une cité très ancienne dont les premiers habitants se seraient établis au pied de la grotte de la Roche, dont ils pouvaient bénéficier du refuge. De là, ils avaient également facilement accès à une source d’eau salée avec le puit de la Saulnerie de Soulce-Cernay. Cependant, ce n’est qu’au XIe siècle que la ville, située au confluent du Doubs et du Dessoubre, commence à prendre de l’importance. Entourée de remparts, Saint-Hippolyte devient une importante place forte de la contrée et le fief des comtes de la Roche de Saint-Hippolyte, puissante et riche famille dont le château se situait à l’entrée de la grotte du même nom.

Saint-Hippolyte revendiqua (et revendique toujours) fièrement dès le XIIIe siècle le statut de ville, qui lui a été décerné par la charte de 1298 ainsi que les titres et droits en découlant. Ainsi elle devint le Chef-Lieu de la Franche Montagne. Le Comte de la Roche Jean II fit construire au XIVe siècle l’église, une collégiale qui abrita un chapitre de 8 chanoines.  De cette époque à 1792, ils assurèrent le bon fonctionnement d’une école réputée de langue et de poésies latines . L’église de Saint-Hippolyte hébergea également au cours du XVe siècle, de 1418 à 1452, le Suaire de Turin avant qu’il ne soit transféré à Chambéry puis dans la capitale du Piémont, où il est toujours aujourd’hui. En plus de la collégiale, la cité se voit dotée de la chapelle du Mont au XVIe siècle ainsi que du couvent des Ursulines, dont la première pierre fut posée en 1700.

La vie des habitants de Saint-Hippolyte ne fut pas toujours de tout repos. En effet, ces derniers durent subir les invasions successives des écorcheurs au XVe siècle qui pillèrent et incendièrent la ville, des suisses et des mercenaires du prince Weimar. Saint-Hippolyte devint finalement français lors de la paix de Nimègue en 1678 qui ratifie la conquête de la Comté par Louis XIV. Après la révolution française, Saint-Hippolyte prit successivement le nom de Doubs-Marat puis d’Hippolyte. Elle fut également la sous-préfecture du département du Doubs de 1790 à 1816, avant son rattachement au département de Montbéliard qui s’y substituera dans ce rôle.

Au XIXe siècle, de nombreuses industries s’établissent dans la commune :

• Scieries
• Tanneries
• Moulins
• Forges
• Filatures
• Taillanderies

En 1886, Saint-Hippolyte fut reliée à Montbéliard par une ligne de chemin de fer, dont elle était la gare terminus et permettait ainsi de nombreux échanges entre plaines, plateaux et autres régions de France.